ストーリークリア後の神器を強くしていく方法がやっとわかりました！！
この辺のシステムがあまり説明がなく分かりづらかったです。
ひたすら魂合わせ！！！
私もまだ強化始めたばかりで手探りではあります。でもおそらくこの方法で行けると思います。
まず、神器は+1ずつしか上がらない（+0に+3合わせても+1にしかならなかったからおそらく・・・）
そして最初に+1を作るには+1の武器を魂合わせする必要があります。
+1ができたらあとは同じか、それ以上の+値の武器を魂合わせします。するとドンドン+が順に増えていく。（+無し同士を合わせても+1にはならない）
例）
- +1と+1＝+2
- +1と+2＝+2
- +1と+4＝+2
- +2と+2＝+3
- +3と+3＝+4...
ここで問題は費用がとてつもないことになるのでは？と思ったのですがほとんど増えません。
これは+1から2回魂合わせを行った物ですが費用は173100とそんなに高くないです。
ということで+付きの神器は売ったり分解しないほうがいい！ドンドン魂合わせを行って+を増やす。そしてメイン武器をガンガン+増やしていく！説明にあるように同じ系統だと費用が安い。同じ名前の武器だと更に安くなります。
これが神器の強化方法だと思われます！！
おそらく防具も同じです。
ただしこの画像の通り+4までしか確認してません。もしかしたら5回以上は費用が跳ね上がる・・・なんてこともあるかも・・・。
手探り状態です。+が増えたらここに追記します！！