NPCとの会話などでは発生せず、現地に行って行動しないといけないミッションがいくつかあります。
見逃しやすいので紹介します！
取り返しのつかない要素
今作はマルチストーリー？（表現違うかも）になっています。レジスタンスポイントが一定数溜まるとメインストーリーが強制的に進みます。
そうするとフォールズエンドの解放など、一部のミッションはクリア済みになります。例えばこのフォールズエンドは自力で取り返した、というような無線が入る。話は辻褄が合うような補足無線、会話が挟まれるのでストーリーを進める上では全く問題ない。
クリア扱いになるので楽だけど、ちょっと物足りなくなるかも。
自力で全部やりたいのならストーリーに絡みそうなミッションを優先に進める必要がある。サイドミッションはもちろん、スペシャリストの解放、道中の捕虜などは全て無視。ポイント溜まる行動を控えて、クリア済になりそうなミッションのみをひたすら追いかける。
1周目で全部見るのは難しいかもです。周回して見るのがいいかも。ただ引き継ぎ要素無し、セーブデータは1つのみなのがツライ。サブアカでやったほうがいいと思います。
※現在バグがあります。（Ver1.03）ホランドバレーのサイドミッション「バレーの武装トラック」が発生したものの、いつのまにか消えました。普通に達成するか、メインストーリーの進行で達成するはずですが、フラグそのものが消失していました。
もしかしたらジョンのストーリークリアで消失する可能性があります。たまたま発生したバグの可能性もありますが、これだけは先にクリアしたほうがいいかもしれない。
現在バグ報告の結果待ちです。
※追記
返信きました。担当部署にて調査を行うとのこと。
※さらに追記、アプデで武装トラック復活していました。強くてニューゲームなど色々な要素も追加
ワールドマップ
公式ページに全情報が乗ったマップが公開されています。
礼拝所やオオカミビーコン、他収集物や宝探しなどこれで確認できます。
https://far-cry.ubisoft.com/game/ja-jp/world-map/index.aspx
ホランドバレー（ジョン）
NOはNOだ
山にあるでっかい”YES”の看板を攻撃すると発生
破壊するだけ。ヘリが楽です。
ヘンベインリバー（フェイス様）
Blood Dragon3
映画監督ガイ・マーベルの2つ目のミッション。
1つ目クリア後しばらくすると無線が入った・・・ような気がする。マップに表示されず「グリマルキン・ラドン鉱山」に直接行く必要がある。奥に入れるようになっている。
かわいい天使ちゃんと遊んでください。
ホワイトテイルマウンテン（ジェイコブ）
クリフハンガー
宝探し。「オジワンの滝」の滝の下にあるトラック付近に近づくと発生。
後は普通に鍵を探すだけ。